Il museo ha sede presso Villa Zito, costruita all'inizio del XVIII sec. da Gaspare Scichili e dimora dei Principi di Carini che la tennero fino alla metà del 1800, quando la villa assunse il gradevole aspetto neoclassico che ancora conserva. Nel 1906 l'immobile e la villa circostante furono venduti al Cav. Francesco Zito, e negli anni 20 il complesso fu acquisito dal Banco di Sicilia e destinato a sede di uffici. In seguito lo stesso Banco pensò ad una riutilizzazione della villa. Infatti, dal 1958 in poi l'ente bancario siciliano esplicò una notevole attività a favore dell'archeologia siciliana. La prima manifestazione dell'interesse del Banco per l'archeologia si espresse nella richiesta d'avere in deposito temporaneo alcuni pezzi archeologici per esporli nei propri locali: il Ministero della Pubblica Istruzione, su proposta favorevole della locale Soprintendenza alle Antichità, concesse in deposito temporaneo 320 pezzi provenienti nella quasi totalità da necropoli siciliane e, specialmente, da Selinunte, raffiguranti gli usi e i costumi della gente siciliana dell'epoca. Alcuni di questi reperti ebbero bisogno di restauri, che il Banco fece eseguire a sua cura esponendo quindi convenientemente i pezzi in apposite vetrine, in locali propri che fin d'allora destinò a Museo aperto al pubblico.
Questi pezzi costituirono il primo nucleo del Museo che d'allora continuò ad accrescersi considerevolmente, sia per quantità che per qualità, mediante acquisizioni varie che hanno impedito che materiale archeologico di prim'ordine prendesse la Via dell'esportazione.
La collezione di ceramiche contenute all'interno del museo rappresenta una cospicua documentazione di maioliche siciliane di oltre una trentina di significativi pezzi provenienti dalle fabbriche palermitane, trapanesi, burgitane, saccensi e caltagironesi, riconducibili principalmente ai secoli XVI, XVII e XVIII.
Il Museo contiene anche una collezione numismatica comprendente una raccolta di monete, un gruppo di medaglie riguardanti la Sicilia e una biblioteca numismatica, che, tra le altre cose, include tutti i libri che il Re Vittorio Emanuele III conservò con cura, essendo un appassionato collezionista.
Bisogna ricordare anche il settore dedicato alla Filatelia, dove sono presenti antiche stampe risalenti al Regno delle Due Sicilie, carte geografiche, antichi francobolli e piante di città siciliane dal 600 all'800.
All'interno del museo non mancano due strumenti basilari per il corretto funzionamento di una moderna struttura museale: una Fototeca e una Biblioteca. Quest'ultima contiene rarità preziose, uno schedario che racchiude un ingente quantità di voci relative ad opere stampate in Italia e all'estero, dei repertori bibliografici del Narbone e del Mira, i dizionari del Traina e del Mortillaro e quant'altro di altrettanto rinomato valore è stato pubblicato in Italia e all'estero nel campo dell'Archeologia e della Storia dell'Arte.