Il Museo di Zoologia è Museo Universitario nato nella seconda metà del 1800 per le esigenze della ricerca  zoologica.
Fu Pietro Doderlein (1809-1895) originario di Ragusa (Dalmazia) che, laureato in medicina e chirurgia, nel 1862 si trasferì a Palermo dove, insieme all'insegnamento della Zoologia ed Anatomia Comparata, si assunse anche il compito di organizzare il Museo. Nell'arco di un trentennio egli, coadiuvato da validi collaboratori, ne mise insieme il nucleo principale rappresentato dalle collezioni:ittiologica, erpetologica, ornitologica, malacologica, mammologica.
Quando nel 1894 Doderlein andò in pensione, toccò ai successivi titolari della cattedra il compito di ben conservare ed in parte arricchire il prezioso materiale che oggi costituisce il più importante  museo zoologico siciliano.
Nel 1913 il Museo venne trasferito dai locali della Casa dei Padri Teatini in Via Maqueda, all'attuale sede, e venne rinnovato nello spirito della moderna museologia scientifica. Esso non è più soltanto prezioso collezionismo ma anche centro di ricerca e di didattica, proiettato alla conoscenza zoologica, ecologica ed etologica della fauna del territorio in cui è chiamato ad operare.
In tal modo si dà l'opportunità agli studenti ed ai visitatori, da un lato di avvicinarsi al mondo degli animali visti con rigore scientifico ed inquadrati in un piano evoluzionistico, dall'altro di fruire di uno strumento capace di testimoniare delle alterazioni prodottesi nella moderna era industriale; in quanto documenta, attraverso le specie raccolte un secolo fa, il degrado di ambienti naturali sottoposti a forti pressioni antropiche.