Entrato in Magistratura nel 1928, fu pretore a Collesano, poi a Palermo e dal 1947 alla Procura generale, di cui divenne capo nel 1962.

Nella sua lunga carriera si trovò ad indagare su tanti misteri e avvenimenti di cronaca: dal caso Giuliano alla strage di Portella delle Ginestre, dall'auto bomba di Ciaculli alla strage di viale Lazio.

Allora il contesto era di difficile lettura e l'impegno del procuratore e delle autorità giudiziarie trovava seri ostacoli nella raccolta d'indizi e di prove sufficienti per la ricerca delle responsabilità penali.

Il 5 maggio 1971 Pietro Scaglione, come ogni mattina, era andato a pregare sulla tomba della moglie al cimitero dei Cappuccini. Al ritorno, in via dei Cipressi subì l'agguato mortale, che costò la vita anche al fidato autista Antonino Lo Russo.

E' stato il primo magistrato ucciso dalla mafia.