Di famiglia di origine genovese, si laureò in giurisprudenza nel 1930 all'Universita' di Palermo. Insieme al fratello Luigi, fu tra gli oppositori politici del regime e tra i protagonisti del complotto che doveva portare alla presa di potere da parte di un gruppo di antifascisti nella Repubblica di San Marino. Fallito il piano, Canepa venne arrestato, processato e costretto dapprima nel manicomio di Roma e poi a Palermo.

Nel 1935 riprese gli studi e nel 1937 pubblicò a Roma, in tre volumi, "Sistema di dottrina del fascismo". Ottenuto l'incarico di storia delle dottrine politiche e di politica internazionale nell' Universita' di Catania, non rinunziò ad una cospicua attivita' segreta che lo porta' ad organizzare i primi nuclei dell'associazione "Giustizia e Liberta' " ed alla collaborazione con i servizi segreti inglesi.

Durante la guerra fu tra gli organizzatori di attivita' armate e di sabotaggio, manifestando contemporaneamente le sue teorie sull'indipendenza della Sicilia con posizioni simili a quelle di Andrea Finocchiaro Aprile, che influenzeranno l'attivita' di un altro protagonista delle vicende del separatismo siciliano, Antonino Varvaro.

Nel 1942 pubblicò sotto lo pseudonimo di Mario Turri, il famoso opuscolo "La Sicilia ai siciliani". Dopo lo sbarco alleato in Sicilia si recò a nord dove comandò la brigata Matteotti, entrando in contatto con le formazioni comuniste.