Il modulo costruttivo interno della chiesa è dato da una struttura cubica sormontata da una cupola. Tale modulo si ripete cinque volte: due nelle campate dell’unica navata, tre nel transetto. L’accostamento del quadrato, che rappresenta la terra, al cerchio, che rappresenta il cielo, ricorre sia nella cultura islamica fatimita sia in quella bizantina. L’interno è nudo e raccolto.
La navata centrale è suddivisa trasversalmente da un robusto arco ogivale uguale all’altro che limita anteriormente il transetto. Questo ha tre absidi semicircolari delle quali solo la centrale si pronunzia all’esterno oltre la struttura del muro. Annesso alla chiesa, vi è il Chiostro, di datazione problematica, verosimilmente del XIII secolo. Esso si presenta di forma rettangolare, con gli archi a sesto acuto su colonnine binat